nature_wonder ([info]nature_wonder) wrote,
@ 2006-03-16 00:18:00
Previous Entry  Add to memories!  Tell a Friend!  Next Entry
Entry tags:complex systems, development, evolution, genetics, modularity

БИОЛОГИЯ
знаковая статья....


Science, Feb. 2006
"Gene regulatory networks and the evolution of animal body plans"


Авторами обнаружены устойчивые паттерны взаимодействия генов в онтогенезе у эволюционно-разнесенных видов. Паттерны представляют собой устойчивые функционально-временные графы, связывающие гены (через факторы транскрипции, ес-но), взаимодействующие на определенных стадиях развития организма. Паттерны получили название Gene Regulatory Network kernels (GRN kernels). Они эволюционно-фиксированы: общие GRN kernels выявлены у видов, разошедшихся более 600 млн. лет назад (даже при том, что сама номенклатура вовлеченных в паттерн генов может не совпадать и/или могут существенно различаться формируемые структуры/органы). - Таким образом, авторы показали наличие устойчивой функционально-временной [логической] архитектуры, скрывающейся за гено/фено вариациями.


genetic regulatory networks associated with development contain components that differ in their evolutionary conservation. Evolutionarily inflexible subcircuits ("kernels") perform essential upstream functions in building given body parts, while other small subcircuits ("plug-ins") have been repeatedly coopted to diverse developmental purposes, leaving highly flexible, individual cis-regulatory linkages to regulate detailed phenotypic variation.


/

...once formed and operating to specify particular body parts, GRN kernels would have become refractory to subsequent change. Molecular phylogeny places this evolutionary stage in the late Neoproterozoic when Bilateria begin to appear in the fossil record, between the end of the Marinoan glaciation at about 630 million years ago and the beginning of the Cambrian. Therefore the mechanistic explanation for the surprising fact that essentially no major new phylum-level body parts have evolved since the Cambrian may lie in the internal structural and functional properties of GRN kernels: Once they were assembled, they could not be disassembled or basically rewired, only built on to.


Examples of putative GRN kernels (графическое изображение паттернов)
http://www.sciencemag.org/cgi/content/figsonly/311/5762/796
-----------------------------------



см. также....
"Biological Networks: The Tinkerer as an Engineer"
Science, Sept. 2003

This viewpoint comments on recent advances in understanding the design principles of biological networks. It highlights the surprising discovery of "good-engineering" principles in biochemical circuitry that evolved by random tinkering.

http://www.sciencemag.org/cgi/content/abstract/301/5641/1866




(Post a new comment)


[info]vigna
2006-03-16 05:55 pm UTC (link)
Дык, и для растений похожие вещи показаны. Про единство механизмов ген. контроля у весьма далеких в таксономическом отношении видов сейчас только ленивый не говорит.
Только вот вышла недавно и такая работа: идентифицировали у одного растения ген, функция кот. у Арабидопсис известна, и вдруг surpise! — он у этого растения совсем по другому работает. Протрансгенили им соответствующий мутант Арабидопсис — всё в порядке, нормальный фенотип восстанавливается. Сильно разные у них, стало быть, GRN'ы!

(Reply to this) (Thread)


[info]nature_wonder
2006-03-16 07:12 pm UTC (link)
Ну да. Только есть, конечно, разница: установить полифункциональность гена или обнаружить и описать GRN kernel. То есть с моей колокольни последнее труднее и, вместе с тем, более значимо. GRN kernel - это своего рода виртуальная (логическая) структура, проходящая сквозь поколения. Если подбирать аналогию, то сменяющиеся фенотипы/гены - это вода, а GRN kernel - форма воронки. По-моему, так еще никто ситуацию не представлял.
А что ген может по-разному функционировать в отличных фенотипах - это очевидно. Многие "человеческие" гены наличествуют и у червя. В конце-концов, гены - всего лишь транскриптом. Они по-разному экспрессируются даже в разных тканях одного организма, чего уж там про виды/классы говорить...

Спасибо, что заглянули. В принципе, я тут просто дублирую нужные мне ссылки, чтоб не потерять. Но обсудить если что, готов.

(Reply to this) (Parent)(Thread)


[info]vigna
2006-03-16 08:52 pm UTC (link)
GRN kernel - это своего рода виртуальная (логическая) структура, проходящая сквозь
поколения.

На основании того, что я читала по ген. контролю развития растений и моделированию его (в том числе и с помощью генных сетей) у меня пока создаётся впечатление, что на том уровне, на котором генные сети обладают достаточной всеобщностью, они уже не очень интересны. Ведь интересно прежде всего то, какова генетическая основа морфологического разнообразия. (Это и эволюционистам бы пригодилось, а то креационисты очень любят ссылаться на это разнообразие как на свидетельство сужествования бога) Тут с моделями всё гораздо хуже, есть некоторые успехи, например: http://www.pnas.org/cgi/content/abstract/0510457103v1 ,
но и они не очень вдохновляют.

Они по-разному экспрессируются даже в разных тканях одного организма, чего уж там про виды/классы говорить...
Конечно, транскриптом различается в разных тканях и органах. Благодаря дифференциальной экспрессии генов и устанавливается "сущность" (identity, не могу найти более адекватного перевода) структур. Так вот в тех сетях, которые я видела, по умолчанию предполагается, что паттерн экспрессии генов одинаков в одинаковых структурах у разных видов, а это зачастую не так.

В принципе, я тут просто дублирую нужные мне ссылки, чтоб не потерять. Но обсудить если что, готов.
Забавная идея! Завести, что ли, виртуала, а то я вечно нужные ссылки долго ищу.

Да, про "сложные вопросы" у [info]afranius — всё-таки интересно узнать.

(Reply to this) (Parent)(Thread)


[info]nature_wonder
2006-03-20 06:02 pm UTC (link)
Прошу прощения! - я вам давно ответил, но по неопытности сделал это "неправильно" и только сейчас понял, что вы, возможно, мой пост не увидели...Извиняюсь за беспокойство, но мне правда было бы интересно ваше мнение по опыту Прюитта и встречалось ли что-то подобное еще где-нибудь в литературе...Если не сложно, загляните.

(Reply to this) (Parent)


[info]nature_wonder
2006-03-17 08:39 am UTC (link)
Ведь интересно прежде всего то, какова генетическая основа морфологического разнообразия
Это я понимаю. По-моему, тут один выход - засучить рукава и пилить. Возможно, биология развития рано или поздно что-то родит.

По Докинзу я опасаюсь, честно говоря, поднимать разговор...потому что догадываюсь о вашем к нему отношении. А если заняться "разбором полетов", то мы вынуждены будем углубляться во все эвол. проблемы. А у меня нет задачи [пере]убедить вас в чем-то: я лишь могу сказать, чем он не убедил в свое время меня (да и не только меня).
Вся его аргументация, по сути, сводится к одному приему: если мы наблюдаем свойство А, значит (!) просто в отборе победил "ген свойства А". - Этот способ "доказательства" сколь беспроигрышен, столь же и бессмысленен. Даже если у каждого признака был бы свой ген, предыдущее утверждение не перестало бы быть трюизмом.
Меня удивляет, что человек совершенно не updated в генетике, пишет, тем не менее, популярные книги на эту тему...- Докинз искренне убежден, что есть, условно, ген "длинных ног" и каждому свойству/детали фенотипа (или поведенческой единицы, если так позволено выразиться) можно поставить в соответствие "свой" ген. - Он убежден, что гены самореплицируются...
Он по существу не решил вопрос, как концепция "эг. гена" соотносится с фактом появления антагоничного ей полового размножения (докинз пишет: "победил ген полового размножения"), - как она соотносится с плейотропией и полифункциональностью генов, с альтернативным сплайсингом и эпигенетикой (докинз вообще задается этими вопросами?).

Вот не хочу утомлять ни вас, ни себя...Для меня концепция Докинза "компьютерная"...Пока мы не разобрались в связи генотип-фенотип все эти спекуляции совершенно ни к чему не обязывают. С одной стороны мутации, а с другой высокая робастность и компенсаторные механизмы -> устойчивость генов (а теперь и kernels) десятки и сотни млн. лет. - В общем, модель рандомизации совершенно уже не представляется адекватной.
А главные вопросы это: абиогенез, морфогенез и возникновение разума. Мне так кажется.

P.S. Зашел к вам, понравилось, как вы пишете. Образно и формулировки бывают просто очень удачны.

P.P.S.
раз вы ботаник - то пользуясь случаем....что думаете про эксперименты Прюитта?
http://nature-wonder.livejournal.com/7332.html

(Reply to this) (Thread)


[info]vigna
2006-03-21 09:23 pm UTC (link)
раз вы ботаник - то пользуясь случаем....что думаете про эксперименты Прюитта?
Насчёт Прюитта — помню эту статью, на molbiol.ru много копий сломано было по её поводу.
На настоящий момент абсолютно честный ответ может быть только один: эффект наблюдается, но механизм неизвестен. Тот механизм, который предлагают авторы (с наследованием стабильной РНК) — явно не единственно возможный (более того, скорее всего даже и не самый вероятный). В геноме есть так называмые "горячие точки" мутации и рекомбинации; такие реверсии, которые наблюдались у мутантов hothead могут быть связаны с тем, что соответствующий ген как-то задействован в их активации. И/или это может быть связано с метилированием. Но подобных вещей прежде не описывали, это правда.
У одной сотрудницы в нашей лаборатории получается интересный результат: скрещивает она две расы арабидопсис, отличающихся по определенным участкам одного и того гена. У одной, скажем, ......GCG............TGA..., а у другой .......ATC............TCG..... У потомства F1 — ......GCG............TCG....., то есть половина гена от одного родителя, половина от другого! Это само по себе фантастично, ведь считается, ген — это единица рекомбинации и в пределах одного гена рекомбинация происходить не может. Дальше — хуже. В потомстве от самоопыления F1 снова наблюдается один из родительских вариантов! Это нечто непредставимое; она считает, что это связано с рекомбинацией, а точнее, с генной конверсией. Надеюсь, скоро выйдет её статья по этим данным. Не сильно хуже, чем у Прюитта:)

Думаю, лет через 5-10, если эти работы продолжатся,
точный молекулярный механизм станет известен. Ведь лет 10-15 назад и об miRNA и вообще RNA interference (мелькало недавно у Вас в ссылках, кстати) и не подозревали. А сейчас эти процессы исследованы уже достаточно детально. А пока нет. Это, увы, даёт простор для всевозможных спекуляций. Небезызвестный (может быть) П. П. Гаряев вот пытался убедить всех в том, что работы Прюитта как-то подтверждают его безумные теории.

Про Докинза — Вы правы, конечно, что он многое упрощает и "программизирует". Но мне, кстати, было
интересно почитать часть, связанную с компьютерным моделированием (нахождение оптимальных стратегий и т. д.)
У каждого биолога, особенно специалиста по генетике, найдутся свои претензии к нему, конечно, представления о функциях генов у него очень отдалённые. Как говорил кто-то из классиков генетики, "каждый признак контролируется всеми генами и каждый ген влияет на все признаки"; а тут "ген, определяющий форму домика личинок ручейника". Но Докинз честно писал, что генетиков и всех, привыкших к их системе терминов, это будет раздражать:) Тем не менее, мне кажется интересной и полезной, может быть даже не столько специалистам, сколько интересующим биологией не биологам.

А главные вопросы это: абиогенез, морфогенез и возникновение разума. Мне так кажется.
Э-эх... Вот правильно говорил один из наших профессоров: "Вопрос о происхождении жизни не есть предмет
биологии". Ведь на эту тему нельзя поставить никакого эксперимента.
А вот морфогенез вполне изучаем экспериментально, и много всего интересного уже выяснено.

Зашел к вам, понравилось, как вы пишете. Образно и формулировки бывают просто очень удачны.
Спасибо, заходите ещё:)

(Reply to this) (Parent)(Thread)


[info]nature_wonder
2006-03-22 08:40 pm UTC (link)
Спасибо за обстоятельный ответ. Потрясающие вещи описываете - если "сиквенс-машинка" вашу сотрудницу не подвела, то эскперименты действительно убойные. Вы уж дайте знать, когда статья выйдет. - Мне кажется, такие реверсии могут быть как-то связаны с пространственной организацией хромосом. Интересно все же, кто первый выяснит этот механизм, и каким он окажется...
Кстати, с Гаряевым у меня была короткая переписка года три назад. На одном форуме зашла речь о его теории, он пересылал мне материалы по свои экспериментам. Сколько там шарлатанства, а сколько искренних заблуждений, мне судить сложно. Несомненно, что воспроизводимости у него практически нет, т.е. идет трактовка артефактов. Соответственно, они никого не интересуют. Но сильно в эти вещи я не углублялся.

(Reply to this) (Parent)


Create an Account
Forgot your login or password?
Login w/ OpenID
English • Español • Deutsch • Русский…